Dentro de la prefectura de Okinawa, esta se divide en varias subcadenas de islas:
- Islas Okinawa (沖縄諸島 Okinawa Shotō): Es la principal subcadena de las islas Ryukyu, y es en donde se encuentra establecida la mayor cantidad de población de la prefectura; fue el epicentro del Reino Ryukyu. Se pueden destacar las siguientes islas:
- Isla de Okinawa (沖縄本島 Okinawa-hont): La mayor isla de la subcadena y la mayor de todas las islas Ryukyu con 1206,49 km² y la más poblada con 1,23 millones de personas. Se caracteriza ser desplobado en el norte pero bastante urbanizado en el sur; la altura máxima es el Yonaha-dake (498 m). En esta isla se encuentran la capital de la prefectura Naha y otras ciudades importantes como la ciudad de Okinawa, Nago, Ginowan, entre otros.
- Kumejima (久米島): Es la segunda isla en tamaño en la subcadena y quinta en toda la prefectura, tiene una extensión de 63,5 km² y es conocida por su belleza y sus tierras fértiles.
- Iheyajima (伊平屋島): Tiene un área de 21,72 km².
- Iejima (伊江島): Esta isla se encuentra a 9 kilómetros de la isla de Okinawa y posee un área de 22,75 km².
- Agunijima (粟国島): Esta pequeña isla de 7,35 km² se localiza entre Kumejima e Iejima.
- Izenajima (伊是名島): Localizada al sur de Iheyajima, es el lugar tradicional de nacimiento del rey Sho-en, primer rey de la segunda dinastía ryukyuense. Tiene un área de 15,42 km².
- Tonakishima (渡名喜島): Con 3,74 km², esta isla se localiza entre Kumejima y la isla de Okinawa.
- Islas Kerama (慶良間諸島 Kerama Shotō): Un grupo de ocho pequeñas islas, algunas deshabitadas y muy cerca una de la otra y que se encuentran a 40 km al oeste de la isla de Okinawa, tienen un área de 19,18 km². Las islas más importantes son Tokashikijima (渡嘉敷島), Zamamijima (座間味島), Akashima (阿嘉島) y Gerumajima (慶留間島).
- Islas Daitō (大東諸島 Daitō Shotō): Archipiélago que se encuentra a 340 km al este de la isla de Okinawa, conforman tres islas que no pertenecen a la cadena principal de las Ryukyu; estas islas son: Minami Daitō-jima (南大東島) con 30,6 km², Kita Daitō-jima (北大東島) con 12,71 km² y Oki Daitō-jima (沖大東島) con 1,15 km². Cabe anotar que Oki Daitō-jima está aislada, se encuentra a 150 km al sur de Minami Daitō-jima y está deshabitada.
- Islas Sakishima (先島諸島 Sakishima Shotō): Es la subcadena meridional de las islas Ryukyu, está subdividida en varias cadenas menores:
- Islas Miyako (宮古諸島 Miyako Shotō): Esta pequeña cadena se encuentra en la parte este y se subdivide en las siguientes islas:
- Miyakojima (宮古島): Es la principal isla de este grupo y la cuarta en tamaño de toda la prefectura, tiene 158,7 km² y se encuentra a medio camino de la isla de Okinawa y Taiwán. Su altura máxima es de 115 metros y es famosa por sus preciosas playas de aguas claras.
- Ikemajima (池間島): Una pequeña isla muy cercana a Miyakojima, posee un área de 2,8 km².
- Irabujima (伊良部島): Isla situada al noroeste de Miyakojima, es la segunda en tamaño del grupo, tiene 39,2 km².
- Kurimajima (来間島): Isla pequeña al noroeste de Miyakojima, posee un área de 2,9 km².
- Taramajima (多良間島): Isla localizada entre Ishigakishima y Miyakojima, tiene un área de 19,4 km².
- Minnajima (水納島): Isla al norte de Taramajima, posee un área de 2,5 km²
